สารก่อภูมิแพ้เป็นปัญหากระทบกับการส่งออก กล่าวคือ เป็นสาเหตุที่สินค้าถูกเรียกคืนเป็นอันดับต้นๆ จากการที่ผู้ผลิตผลิตอาหารที่มีสารก่อภูมิแพ้เป็นส่วนประกอบแต่ไม่แสดงฉลาก ดังนั้น ผู้ผลิตจึงจำเป็นต้องทราบข้อกำหนดทางกฎหมายและบัญชีรายชื่อของสารก่อภูมิแพ้ของประเทศคู่ค้า

ในส่วนของการป้องกันสารก่อภูมิแพ้ โรงงานผลิตอาหารโดยทั่วไปจะมีมาตรการการควบคุมแบบป้องกัน (Preventive control) ตามระบบคุณภาพต่างๆ เช่น GMPs HACCP และ FSMA เป็นต้น เพื่อจัดการและควบคุมสารก่อภูมิแพ้ในผลิตภัณฑ์ โดยเริ่มจากการวิเคราะห์อันตรายและความเสี่ยงร่วมกับมาตการต่างๆ

เช่น การแบ่งแยกสัดส่วนต่างๆ ของโรงงาน การกำหนดพื้นที่เฉพาะสำหรับสารก่อภูมิแพ้ โดยการตีเส้นล้อมรอบ ทำห้องแยกเฉพาะ กำหนดชั้นวางต่างหาก การแบ่งแยกอุปกรณ์/เครื่องมือที่ใช้ ลดการเคลื่อนย้ายสิ่งของหรือวัสดุ รวมถึงกำหนดพื้นที่เฉพาะสำหรับอาหารก่อภูมิแพ้ไม่ว่าวัตถุดิบ หรือผลิตภัณฑ์สำเร็จ เพื่อลดความเป็นไปได้ของการปนเปื้อนข้าม

 หากไม่สามารถกั้นอุปกรณ์และพื้นที่เฉพาะผลิตภัณฑ์ที่มีสารก่อภูมิแพ้ได้ ควรมีการกำหนดแผนการผลิตที่ดี ลดโอกาสการปนเปื้อน โดยผลิตผลิตภัณฑ์ที่ปลอดสารก่อภูมิแพ้ก่อน แล้วค่อยผลิตผลิตภัณฑ์ที่มีสารก่อภูมิแพ้เป็นลำดับสุดท้าย หรือวางแผนการผลิตยาวๆ สำหรับผลิตภัณฑ์ที่มีสารก่อภูมิแพ้เพื่อให้ผลิตคราวเดียวมากๆ และทำความสะอาดครั้งใหญ่ทั้งหมดทีเดียว และในตารางการผลิตควรมีการกำหนดความถี่และวิธีการการทำความสะอาดที่เหมาะสมระหว่างการเปลี่ยนกระบวนการและควรมีการควบคุมรีเวิร์กด้วย